Tijdens de bloedige gebeurtenissen aan het begin van de Indonesische Revolusi, in Nederland Bersiap genoemd, werd Simon Gerrit Fokkema vertegenwoordiger Associatie  Selle de Bruyn-Reyerse de Vries in Soerabaja ontvoerd en vermist. Later blijkt hij samen zijn zoon John  door Pemoeda's naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk was vervoerd. 

Op 29 oktober werden minstens 26 gevangenen waaronder Simon Gerrit Fokkema in het huis van Baswedan koelbloedig geëxecuteerd en in de nabijheid in een massagraf begraven. Toen het graf werd opengelegd, was identificatie van vele stoffelijke overschotten niet mogelijk.  Nabestaanden konden bij gebrek aan een identificeerbaar stoffelijk overschot een Vermissingverklaring aanvragen bij de Opsporingsdienst Overledenen ODO, een dienst van het Departement van Justitie. Deze Vermissingsverklaring kon later door de Landsrechter in Batavia/Jakarta omgezet worden in een Overlijdensverklaring. De persoon was dan officieel dood verklaard. Dit is wel zo belangrijk, want alleen met een overlijdensakte kon zijn echtgenote de weduwe Geeske Fokkema-Wittermans een weduwe- en wezenpensioen aanvragen, erfenissen regelen en eventueel hertrouwen. De overlijdensakte van Simon Gerrit Fokkema werd in 1946 ingeschreven in de registers van de Burgerlijke Stand te Batavia/Jakarta onder nummer 8573, zie bijlage 3 

De naam Fokkema komt voor op de lijst van Baswedan slachtoffer, opgemaakt door sgt R.B. Smith van de Counter Intelligence Dept, 5th Indian Division, met als aantekening: “is this same person Fokkema believed by van Houwelinge to be at Kampementstraat had one hand (One body had one hand). zie bijlage 1

Tevens is de naam Fokkema vermeld op de lijst vermoedelijke slachtoffers opgesteld door ir. J van Houwelinge, getuige in de Baswedan-affaire .: Fokkema …. mist een hand, zie bijlage 2

Reconstructie van de gebeurtenissen 

Omstreeks 15 oktober 1945 (Bloody Monday in de Nederlandse geschiedschrijving) besloten Indonesische revolutionaire autoriteiten en leiders van strijdgroepen in Soerabaja tot arrestatie van Europese en Indo-Europese mannen en jongeren. Het primaire motief was het voorkomen dat deze bevolkingsgroep gewapenderhand zou samenwerken met de Britse troepen die spoedig Soerabaja zouden bezetten. Deze Europeanen werden gezien als een directe bedreiging voor het gezag van de jonge Republiek Indonesia en de Indonesische Revolusi.

Ongeveer 1.600 personen werden naar de Simpang Club gebracht, een koloniale socïeteit, die door de Pemoeda’s, Indonesische nationalisten, als gevangenenkwartier van de Partai Rakjat Indonesia PRI werd gebruikt. Hier vonden gruwelijke gebeurtenissen plaats: tientallen mannen maar ook vrouwen werden door een zogenaamde 'Volksrechtbank' veroordeeld en op beestachtige wijze afgeslacht.

Eén voorval dat minder bekend is geworden, zijn de moorddadige gebeurtenissen in het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk van Soerabaja.

Al op zondag 14 oktober 1945 arresteerden Pemoeda’s Europeanen en Indo-Europeanen,  uit het RAPWI-kamp Baudstraat/Rochussenstraat. Ze werden onder beschuldiging van NICA-spionage, overgebracht naar de beruchte Simpang Club in Soerabaja.Een militante Pemoeda-groep had echter andere plannen voor deze gevangenen. Zesendertig mannen, waaronder ANIEM personeel, werden van de Simpang Club overgebracht naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk. De Baswedan-affaire was geboren.

Op 15 oktober werden tien mannen van deze groep per vrachtwagen naar de Kalisosok- of Werfstraatgevangenis vervoerd. De resterende 26 man bleef gevangen in de Kampementstraat.
Na de landing van de Britse 49th Indian Brigade onder leiding van brigadier Mallaby op 24 oktober, zagen de Pemoeda’s in het huis van Baswedan geen kans meer om de gevangenen af te voeren naar gebied onder Republikeins gezag. Hierop viel het besluit tot executie van alle gevangenen.  De massamoord op onschuldige burgers werd uitgevoerd op 29 oktober 1945.