Tijdens de bloedige gebeurtenissen aan het begin van de Indonesische Revolutie (in Nederland ook wel de Bersiap genoemd), werden op 14 oktober 1945 John Fokkema en zijn vader uit het RAPWI-kamp aan de Baudstraat/Rochussenstraat opgepakt. Dit blijkt uit een brief van zijn moeder, Geeske Fokkema-Witermans, bewaard in het Nationaal Archief.

Later bleek John Fokkema en zijn vader door Pemoeda's naar het huis van Baswedan aan de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk te zijn ontvoerd. Sindsdien werden. zij vermist.

Aangezien zijn vader op 29 oktober in in het  huis van Baswedan werd vermoord, kan met stelligheid worden aangenomen dat John Fokkema tegelijkertijd met hem werd omgebracht. Zij werden tegelijkertijd in een massagraf begraven. De overlijdessakte van John Fokkema werd pas in 1949 ingeschreven in de registers van de Burgerlijke Stand te Batavia/Jakarta onder nummer 1347.

Nu bekend is dat hij samen met zijn vader werd ontvoerd en op 29 oktober vermoord, kan zijn naam met sterftedatum  29 oktober 1945 worden bijgeschreven op hetzelfde grafbord met het opschrift 'Verzamelgraf Baswedan' als zijn vader.

Reconstructie van de gebeurtenissen

Omstreeks 15 oktober 1945 (Bloody Monday in de Nederlandse geschiedschrijving) besloten Indonesische revolutionaire autoriteiten en leiders van strijdgroepen in Soerabaja tot arrestatie van Europese en Indo-Europese mannen en jongeren. Het primaire motief was het voorkomen dat deze bevolkingsgroep gewapenderhand zou samenwerken met de Britse troepen die spoedig Soerabaja zouden bezetten. Deze Europeanen werden gezien als een directe bedreiging voor het gezag van de jonge Republiek Indonesia en de Indonesische Revolusi.

Ongeveer 1.600 personen werden naar de Simpang Club gebracht, een koloniale socïeteit, die door de Pemoeda’s, Indonesische nationalisten, als gevangenenkwartier van de Partai Rakjat Indonesia PRI werd gebruikt. Hier vonden gruwelijke gebeurtenissen plaats: tientallen mannen maar ook vrouwen werden door een zogenaamde 'Volksrechtbank' veroordeeld en op beestachtige wijze afgeslacht.

Eén voorval dat minder bekend is geworden, zijn de moorddadige gebeurtenissen in het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk van Soerabaja.Al op zondag 14 oktober 1945 arresteerden Pemoeda’s Europeanen en Indo-Europeanen uit het RAPWI-kamp Baudstraat/Rochussenstraat. Ze werden onder beschuldiging van NICA-spionage, overgebracht naar de beruchte Simpang Club in Soerabaja.Een militante Pemoeda-groep had echter andere plannen voor deze gevangenen. Zesendertig mannen, waaronder ANIEM personeel, werden van de Simpang Club overgebracht naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk. De Baswedan-affaire was geboren.

Op 15 oktober werden tien mannen van deze groep per vrachtwagen naar de Kalisosok- of Werfstraatgevangenis vervoerd. De resterende 26 man bleef gevangen in de Kampementstraat. Na de landing van de Britse 49th Indian Brigade onder leiding van brigadier Mallaby op 24 oktober, zagen de Pemoeda’s in het huis van Baswedan geen kans meer om de gevangenen af te voeren naar gebied onder Republikeins gezag. Hierop viel het besluit tot executie van alle gevangenen. Op 29 oktober werd de massamoord op onschuldige personen uitgevoerd.