Aan het begin van de Indonesische Revolusi , in Nederland bekend als Bersiap periode, werd op 14 Oktober 1945 Hendrikus Jacobus de Vos samen met anderen door een militante groep genaamd BPRI ontvoerd uit het RAPWI-kamp Baudstraat/Rochussenstraat in Soerabaja. Daarna werd niks meer van hem vernomen.

Hij werd daarna bij het Rode Kruis aangegeven als Ontvoerd en Vermist. In de Bersiap periode betekende dit vermoord.

Later werd bekend dat hij samen met 25 anderen op 29 oktober 1945 was vermoord in het huis van Baswedan, Kampementstraat 214 in de Arabische wijk van Soerabaja (Baswedan affaire)

Omstreeks 15 oktober 1945 (Bloody Monday in de Nederlandse geschiedschrijving) besloten Indonesische revolutionaire autoriteiten en leiders van strijdgroepen in Soerabaja tot arrestatie van Europese en Indo-Europese mannen en jongeren. Het primaire motief was het voorkomen dat deze bevolkingsgroep gewapenderhand zou samenwerken met de Britse troepen die spoedig Soerabaja zouden bezetten. Deze Europeanen werden gezien als een directe bedreiging voor het gezag van de jonge Republiek Indonesia en de Indonesische Revolusi.

Ongeveer 1.600 personen werden naar de Simpang Club gebracht, een koloniale socïeteit, die door de Pemoeda’s, Indonesische nationalisten, als gevangenenkwartier van de Partai Rakjat Indonesia PRI werd gebruikt. Hier vonden gruwelijke gebeurtenissen plaats: tientallen mannen maar ook vrouwen werden door een zogenaamde 'Volksrechtbank' veroordeeld en op beestachtige wijze afgeslacht.

Eén voorval dat minder bekend is geworden, zijn de moorddadige gebeurtenissen in het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk van Soerabaja.

Al op zondag 14 oktober 1945 arresteerden Pemoeda’s Europeanen en Indo-Europeanen, waaronder Hendricus Jacobus de Vos uit het RAPWI-kamp Baudstraat/Rochussenstraat. Ze werden onder de beschuldiging van NICA-spionage, overgebracht naar de beruchte Simpang Club in Soerabaja.

Een militante Pemoeda-groep had echter andere plannen voor deze gevangenen. Zesendertig mannen, waaronder ANIEM personeel, werden van de Simpang Club overgebracht naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk. De Baswedan-affaire was geboren.

Op 15 oktober werden tien mannen van deze groep per vrachtwagen naar de Kalisosok- of Werfstraatgevangenis vervoerd. De resterende 26 man bleef gevangen in de Kampementstraat. 

Na de landing van de Britse 49th Indian Brigade onder leiding van brigadier Mallaby op 24 oktober, zagen de Pemoeda’s in het huis van Baswedan geen kans meer om de gevangenen af te voeren naar gebied onder Republikeins gezag. Hierop viel het besluit tot executie van alle gevangenen.

Op 29 oktober werden minstens 26 gevangenen waaronder Hendricus Jacobus de Vos in het huis van Baswedan koelbloedig geëxecuteerd en in de nabijheid in een massagraf begraven. Toen het graf werd opengelegd, was identificatie van vele stoffelijke overschotten niet mogelijk.

Hendricus Jacobus de Vos, vakonderwijzer Don Bosco Stchting werd als ontvoerd en vermist aangemerkt. Nabestaanden konden bij gebrek aan een identificeerbaar stoffelijk overschot een Vermissingverklaring aanvragen bij de Opsporingsdienst Overledenen ODO, een dienst van het Departement van Justitie. Deze Vermissingsverklaring kon later door de Landsrechter in Batavia/Jakarta omgezet worden in een Overlijdensverklaring. De persoon was dan officieel dood verklaard.

Dit is wel zo belangrijk, want alleen met een overlijdensakte kon de weduwe Alida de Vos-Westbroekeen weduwen- en wezenpensioen aanvragen, erfenissen regelen en eventueel hertrouwen.
De overlijdensakte van Hendricus Jacobus de Vos werd pas in 1947 ingeschreven in de registers van de Burgerlijke Stand te Batavia/Jakarta onder nummer 2442

Zijn weduwe Alida de Vos-Westbroek verklaarde onder ede dat het bruine brillenmontuur met een enkel glas, gevonden in het massagraf, toebehoorde aan haar echtgenoot Hendricus Jacobus de Vos

.