Tijdens de bloedige gebeurtenissen aan het begin van de Indonesische Revolusi, in Nederland bekend als Bersiap,  werd op 14 oktober 1945 dhr J.J. Agnes in het RAPWI-kamp aan de Baudstraat/Rochussenstraat in Soerabaja door Pemoeda's opgepakt . Later blijkt hij samen met anderen naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk te zijn  vervoerd.

Op 29 oktober werd Agnes met andere gevangenen in het huis van Baswedan koelbloedig geëxecuteerd en in de nabijheid in een massagraf begraven. Toen het graf later werd opengelegd, was afzonderlijke identificatie van vele stoffelijke overschotten niet mogelijk. Zijn identiteit werd bevestigd door mej. D.J. de Mey. Zij woonde naast het huis van Baswedan en kende hem persoonlijk. Zij zag dhr Agnes twee weken lang werken bij een TRI-post aan de overkant van de straat.  In het rapport van sgt R.B. Smith van de Counter Intelligence Dept 5th Indian Division staat dat zijn naam is geschreven op een muur van het huis in de Kampementstraat 214

Reconstructie van de gebeurtenissen

Omstreeks 15 oktober 1945 (Bloody Monday in de Nederlandse geschiedschrijving) besloten Indonesische revolutionaire autoriteiten en leiders van strijdgroepen in Soerabaja tot arrestatie van Europese en Indo-Europese mannen en jongeren. Het primaire motief was het voorkomen dat deze bevolkingsgroep gewapenderhand zou samenwerken met de Britse troepen die spoedig Soerabaja zouden bezetten. Deze Europeanen werden gezien als een directe bedreiging voor het gezag van de jonge Republiek Indonesia en de Indonesische Revolusi.

Ongeveer 1.600 personen werden naar de Simpang Club gebracht, een koloniale socïeteit, die door de Pemoeda’s, Indonesische nationalisten, als gevangenenkwartier van de Partai Rakjat Indonesia PRI werd gebruikt. Hier vonden gruwelijke gebeurtenissen plaats: tientallen mannen maar ook vrouwen werden door een zogenaamde 'Volksrechtbank' veroordeeld en op afschuwelijke wijze afgeslacht. 

Eén voorval dat minder bekend is geworden, zijn de moorddadige gebeurtenissen in het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk van Soerabaja.Al op zondag 14 oktober 1945 arresteerden Pemoeda’s Europeanen en Indo-Europeanen. Waaronder J.J. Agnes uit het RAPWI-kamp Baudstraat/Rochussenstraat. Ze werden onder de beschuldiging van NICA-spionage, overgebracht naar de beruchte Simpang Club in Soerabaja.

Een militante Pemoeda-groep had echter andere plannen voor deze gevangenen. Zesendertig mannen, waaronder ANIEM personeel, werden van de Simpang Club overgebracht naar het huis van Baswedan in de Kampementstraat 214 in de Arabische wijk. De Baswedan-affaire was geboren.

Op 15 oktober werden tien mannen van deze groep per vrachtwagen naar de Kalisosok- of Werfstraatgevangenis vervoerd. De resterende 26 man bleef gevangen in de Kampementstraat. Na de landing van de Britse 49th Indian Brigade onder leiding van brigadier Mallaby op 24 oktober, zagen de Pemoeda’s in het huis van Baswedan geen kans meer om de gevangenen af te voeren naar gebied onder Republikeins gezag. Hierop viel het besluit tot executie van alle gevangenen. De massamoord op onschuldige mannen werd op 29 oktober uitgevoerd.